Votre microbiome à l’œuvre : Un intestin en santé, c’est un travail d’équipe

Par Wendy Presant, RHNC, CFMP 27 octobre 2026 8 min de lecture Read in English

Imaginez votre microbiome comme une grande entreprise complexe composée de nombreux départements spécialisés. Chaque département a son propre rôle, mais l’organisation fonctionne de façon optimale lorsque ses équipes communiquent et collaborent. Dans le microbiome, ces « départements » sont des communautés microbiennes interconnectées, appelées microbiotes, constituées principalement de bactéries, mais aussi d’une composante fongique, de virus, et d’autres microorganismes [1]. Ensemble, ils contribuent à soutenir et à réguler de nombreuses fonctions corporelles, interagissent étroitement avec le système immunitaire, participent à la production de certaines vitamines, influencent la signalisation hormonale et celle des neurotransmetteurs, et communiquent avec différents organes et systèmes dans l’ensemble du corps [2], [3]. En réalité, nous ne pourrions pas survivre sans elles. Cependant, lorsque l’équilibre ou la communication au sein de ces communautés se modifie, les effets se font sentir dans tout le corps. Alors, qu’est-ce qui façonne notre microbiome, et comment pouvons-nous le préserver ?

Notre microbiome commence à se former dès la naissance. Si nous sommes nés par voie vaginale, il nous a été transmis directement par notre mère. Si nous sommes nés par césarienne, il a été acquis par contact avec des bactéries présentes à la surface des tissus. Au fil des années, il a été influencé par l’alimentation, les hormones, l’environnement, la santé, et les médicaments, jusqu’à ce qu’il se stabilise à l’âge adulte [4], [5].

Le microbiote intestinal est l’une des communautés microbiennes les plus influentes de l’organisme, interagissant avec de nombreux autres systèmes et les influençant [6]. La nature de ces interactions dépend du type de bactéries présentes dans le microbiote. Différentes bactéries émettent différents messages. En résumé, on peut classer les bactéries intestinales en trois catégories : bénéfiques, potentiellement nocives, et relativement neutres. Les bactéries bénéfiques produisent des substances utiles à l’organisme, comme des vitamines et des composés impliqués dans la régulation hormonale et la signalisation des neurotransmetteurs. Elles contribuent également à protéger contre les infections et à réguler l’inflammation en limitant la prolifération des microbes potentiellement pathogènes. Les bactéries nocives, quant à elles, peuvent provoquer des infections aigües ou contribuer à une inflammation chronique [7]. Enfin, il existe des bactéries neutres, qui, à notre connaissance, n’ont pas d’effet significatif sur l’organisme.

Naturellement, nous souhaitons plus de bonnes bactéries et moins de mauvaises. Si notre microbiome est déséquilibré, comment l’améliorer ? Il est difficile de modifier durablement le microbiome de l’adulte, mais nous pouvons temporairement en altérer la composition bactérienne pour un meilleur équilibre, à condition de répéter les étapes nécessaires. L’organisme réagira assez rapidement à cette intervention continue, en améliorant la santé de notre microbiome. Cependant, dès que nous cessons d’en prendre soin, l’effet s’estompe en quelques jours et le microbiome retrouve son état initial [8].

Il est très encourageant de réaliser que nous avons un contrôle considérable sur l’inflammation dans notre corps, ce qui peut favoriser la guérison. De nombreuses maladies chroniques font l’objet de recherches sérieuses démontrant qu’une réduction de l’inflammation et une amélioration du microbiome contribuent à une meilleure guérison. Prenons l’exemple de l’eczéma, une maladie inflammatoire de la peau. C’est une affection courante, pour laquelle un médecin vous a peut-être prescrit une crème. La crème est efficace, mais l’eczéma réapparait souvent dès qu’on arrête de l’appliquer. L’intestin communique avec la peau le long de l’axe intestin-peau [9], [10]. L’une des façons dont le microbiote intestinal peut influencer la peau est par le biais des acides gras à chaine courte, des composés produits lorsque certaines bactéries bénéfiques fermentent les fibres. Ces composés peuvent contribuer à réguler les réponses immunitaires et l’inflammation et peuvent également renforcer la barrière cutanée [11], [12]. Si nous n’avons pas suffisamment de bonnes bactéries, ou suffisamment d’acides gras à chaine courte, l’inflammation persiste [13], [14].

Nous avons deux principaux objectifs pour améliorer notre microbiote intestinal. Le premier est d’accroitre le nombre et la diversité des bonnes bactéries [15]. Le second est de fournir à ces bactéries bénéfiques suffisamment de nutriments pour qu’elles puissent décomposer les aliments et produire des acides gras à chaine courte et d’autres composés.

On peut facilement augmenter le nombre de bonnes bactéries dans l’intestin en consommant des aliments fermentés, qui enrichissent notre flore intestinale, comme le yogourt, le kéfir, et les légumes fermentés [16]. Une autre solution, plus ciblée, consiste à prendre un supplément de probiotiques. Avec les probiotiques, on connait précisément les souches de bactéries ingérées ; certaines souches exercent une influence plus marquée sur certains problèmes de santé que d’autres. On connait également la quantité de bactéries ingérées, un paramètre qu’il est impossible de calculer uniquement par l’alimentation.

Les suppléments de probiotiques sont fragiles. Plusieurs sont facilement détruits par l’acidité de l’estomac et la chaleur [17]. Assurez-vous que ceux que vous achetez ont été conservés au réfrigérateur depuis leur fabrication jusqu’à leur utilisation. Il doit également exister une garantie sur la bouteille que les probiotiques résisteront à l’acidité gastrique pour atteindre les intestins. Un probiotique de qualité garantit également la quantité de bactéries présentes jusqu’à la date de péremption indiquée sur la bouteille [18], [19].

En plus d’apporter à votre microbiote intestinal des bactéries bénéfiques, il est essentiel de veiller à ce qu’il soit correctement approvisionné en nutriments. Ces nutriments, appelés « prébiotiques », se trouvent dans une alimentation riche en fibres provenant de fruits, de légumes, de céréales complètes, et de légumineuses. Vos bactéries intestinales les décomposeront en molécules telles que les acides gras à chaine courte, qui nourrissent la muqueuse intestinale et interagissent avec le système immunitaire et d’autres organes. Évitez les aliments ultratransformés de même que les excès de sucre et d’alcool, qui peuvent perturber l’équilibre de la flore intestinale et favoriser l’inflammation. L’adage « on est ce qu’on mange » n’a jamais été aussi vrai ! Il est donc important de consommer une variété de fibres chaque jour !

Bien que ces deux méthodes soient les principales pour améliorer directement votre microbiome, il est également essentiel de surveiller votre activité physique, votre gestion du stress, et votre état d’esprit. Le stress, à lui seul, peut perturber votre microbiote intestinal [20]. Maintenez une vie sociale active. N’oubliez pas que se sentir bien dans sa peau est bénéfique pour votre microbiome.

Wendy Presant, RHNC, CFMP

Infirmière autorisée de formation et docteure en naturopathie à la retraite, titulaire d’un diplôme en coaching santé et vie, Wendy se passionne pour aider les personnes de plus de 40 ans à optimiser leur parcours de vie. Elle aime écrire et est l’auteure récente de Dry—A Holistic Guide to Sjögren’s Disease.

dryhelp.ca ·  wendy.happyaging@gmail.com


 


Références

[1]        National Institute of Environmental Health Sciences. Microbiome. Mis à jour le 2026‑01‑29. Disponible dans https://www.niehs.nih.gov/health/topics/science/microbiome.

[2]        J. Reynoso‑García, et autres. « A complete guide to human microbiomes: Body niches, transmission, development, dysbiosis, and restoration ». Frontiers in Systems Biology, Vol. 2 (2022): 951403.

[3]        A.Shigehara, et autres. « Gut microbiota and interorgan communication among the gut, brain, and beyond ». Internal Medicine, Vol. 65, Nº 2 (2026): 203–213.

[4]        M.J. Blaser et M.G. Dominguez‑Bello. « The human microbiome before birth ». Cell Host & Microbe, Vol. 20, Nº 5 (2016): 558–560.

[5]        H. Nunez, et autres. « Early life gut microbiome and its impact on childhood health and chronic conditions ». Gut Microbes, Vol. 17, Nº 1 (2025): 2463567.

[6]        E. Fredell. « Gut microbiome communication: The gut-organ axis ». ASM.org. 2023‑01‑18. Disponible dans https://asm.org/articles/2023/january/gut-microbiome-communication-the-gut-organ-axis.

[7]        R. Chen. « Diverse bacterial types in the human gut microbiome ». SciQuants.com. [Aucune date indiquée]. Disponible dans https://sciquants.com/articles/diverse-bacterial-types-gut-microbiome/.

[8]        S. Yan, J. Gao, et Q. Sun. « Research progress on colonization ability of probiotics ». Journal of Future Foods, Vol. 6, Nº 2 (2026): 195–204.

[9]        M.F. Sanchez‑Lopez, et autres. « Relationship between skin and gut microbiota dysbiosis and inflammatory skin diseases in adult patients: A systematic review ». The Microbe, Vol. 7 (2025): 100342.

[10]      M. Jimenez‑Sanchez, et autres. « The gut-skin axis: A bi‑directional, microbiota-driven relationship with therapeutic potential ». Gut Microbes, Vol. 17, Nº 1 (2025): 2473524.

[11]      R.‑J. Qie, et autres. « Key messengers in the gut-nose axis: Mechanisms of gut microbial metabolites in the immunomodulation of allergic rhinitis ». Frontiers in Immunology, Vol. 17 (2026): 1796775.

[12]      B. De Pessemier, et autres. « Gut–skin axis: Current knowledge of the interrelationship between microbial dysbiosis and skin conditions ». Microorganisms, Vol. 9, Nº 2 (2021): 353.

[13]      [Anonyme]. « The gut-skin connection: How your microbiome holds the key to eczema relief ». MicroEco Insights. [Aucune date indiquée]. Available from https://www.microecosci.com/posts/the-gutskin-connection-how-your-microbiome-holds-the-key-to-eczema-relief.

[14]      Sanchez‑Lopez et autres, op. cit.

[15]      C.‑H. Tseng et C.‑Y. Wu. « From dysbiosis to longevity: A narrative review into the gut microbiome’s impact on aging ». Journal of Biomedical Science, Vol. 32, Nº 1 (2025): 93.

[16]      E.R. Leeming, et autres. « Effect of diet on the gut microbiota: Rethinking intervention duration ». Nutrients, Vol. 11, Nº 12 (2019): 2862.

[17]      S. Han, et autres. « Probiotic gastrointestinal transit and colonization after oral administration: A long journey ». Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, Vol. 11 (2021): 609722.

[18]      K. Fenster, et autres. « The production and delivery of probiotics: A review of a practical approach ». Microorganisms, Vol. 7, Nº 3 (2019): 83.

[19]      R. Ferdousi, et autres. « Evaluation of probiotic survivability in yogurt exposed to cold chain interruption ». Iranian Journal of Pharmaceutical Research, Vol. 12 Suppl. (2013): 139–144.

[20]      J.C. Park, et autres. « Beyond the gut: Decoding the gut–immune–brain axis in health and disease ». Cellular & Molecular Immunology, Vol. 22, Nº 11 (2025): 1287–1312.